ההתנגדות לחסידות פרצה בקהילת וילנה – "ירושלים הליטאית" – המרכז הגדול ביותר ללימודי תורה בפולין. העימות החל כאשר המגיד החסידי בעיר ייסד מניין חסידי אוטונומי. דבר זה גרם להנהגה היהודית הליטאית להחרים את החסידים ולגרשם מן העיר. הקהילה הוילנאית דרשה משאר הקהילות היהודיות לאמץ את גישתם ולהחרים גם כן את החסידים. היהודים המתנגדים לחסידות טענו כי החסידים הנם קמצנים, סרבני ההלכה, מחליפי הליטורגיה האשכנזית בליטורגיה ספרדית. הוילנאים התנגדו לכך שהחסידים התפללו בשמחה מוגזמת במקום דמעות ההצטערות הדרושות בתפילה כנה. בין התביעות החריפות ביותר בלטה הטענה כי החסידים מביאים לשחיתות מוסרית. העימות הגיע לשיאו כאשר החסידים החלו להדפיס את ספריהם בבתי דפוס משלהם ללא האישור מרבני הקהילות. המקרה הזה הביא לרדיפה מחודשת אחרי החסידים בכל רחבי פולין, ועד גרמניה נשלחו שליחים בכדי למנוע את פלישתה של צורת החיים החסידית אליה. מרבית הכוחות השמרנים של היהדות התרכזו בידיו של הגאון מוילנה, אחד מגדולי התורה מכל הזמנים, אשר אליו הגיעו לייעוץ ועזרה אנשים מכל פינות אירופה.

השמרנות היהודית התאפיינה בהשכלה מאד גדולה, בייחסה הליטראלי לכתבי הקודש. הגאון מוילנה פיתח את השכלתו בשטחי המתמטיקה, לשון ואסטרונומיה, עם דגש פילוסופי ודתי הנובע מהזרם האשכנזי של היהדות, עם דחייה של הפילוסופיה היהודית-ספרדית המדיאבאלית שהשפיעה על החסידות. המתנגדים השמרנים אינם קיבלו את תפקידו של הצדיק כמתווך בין האדם הפשוט לאלוהים, וכמו כן פסלו את חשיבותה של התפילה והכוונה על הלימוד האורתודוקסי של התורה. החרמת החסידות, המלווה בהתייחסות אל מרכיביה כאל לא-יהודיים, הביאה את המתנגדים להלשין לממשל הרוסי בטענה כי החסידים גונבים כספים ומוציאים אותם לטורקיה. דבר זה הביא אף לעצירת מנהיגותיה של החסידות באותה תקופה.

למרות המאמצים של המתנגדים, הם לא יכלו לעצור את תנופתה של התנועה החסידית, והפיצול בין הזרמים הפך לעובדה היסטורית בלתי הפיכה. אמנם עם האיום של רעיונות תנועת ההשכלה שהגיעו מיהדות מערב אירופה, התמוססו ההבדלים בין חסידים ומתנגדים לחזית דתית מאוחדת מול גורמי ההשכלה המתבוללים.