המחלקה לזהות יהודית וזהויות בקהילה מסייעת למתנ"סים להוביל תהליכים של בינוי קהילה תוך כדי בירור הזהות הייחודית של הקהילות המקומיות במגמה לעודד שיח זהויות, לחזק את הקשרים החברתיים ולקדם בניית זהות קהילתית משותפת.
כל זאת תוך הגברת הערבות ההדדית, הסובלנות והפלורליזם. המחלקה פועלת ביישובים ערבים ויהודיים לגווניהם השונים ומסייעת לפתח תכניות במורשת הקהילה סביב מעגלי השנה והחיים.